Фамилия Матюнькова — женская форма фамилии Матюньков, и в её основе лежит имя Матюня. Это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Матвей (в русской народной традиции — Матфей). Уменьшительные суффиксы -юн-, -ун- в русских фамилиях встречаются реже, чем стандартные -к- или -ш-, и сразу указывают на конкретную диалектную или семейную манеру называть человека. Матюня — не просто «маленький Матвей», а скорее домашнее, обиходное прозвище, которое могли дать ребёнку или взрослому в кругу близких.

Модель образования фамилии проста: к основе Матюнь- добавили притяжательный суффикс -к- (в значении «чей?»), а затем — -ов. Матюньков буквально означает «сын Матюни» или «человек из рода Матюни». Суффикс -к- в таких фамилиях (сравните: Ивашков, Петруньков) часто указывает на то, что фамилия сформировалась в среде, где были распространены неполные, усечённые формы имени. Это характерно для северных и центральных областей России, где фамилии на -ов и -ев закрепились позже, чем на юге, но при этом сохраняли более «домашние» исходные формы.

Географически фамилия Матюньков (и, соответственно, Матюнькова) встречается не повсеместно. Она сконцентрирована в основном в регионах, где активно бытовала форма Матюня: в Вологодской, Архангельской, Костромской областях, а также на Урале, куда переселенцы принесли свои прозвища. В южных и западных губерниях чаще использовали форму Матюха или Матюша, поэтому там фамилии звучали бы как Матюхов или Матюшин. Таким образом, Матюнькова — маркер именно севернорусского или северо-восточного происхождения предков.

Вторая, менее вероятная, но не исключённая версия связывает фамилию не с именем Матвей, а с диалектным словом «матюня» — так в некоторых говорах называли человека медлительного, неповоротливого или, наоборот, чересчур спокойного. Однако эта гипотеза слабее, потому что прозвищная модель с таким корнем не зафиксирована в словарях русских прозвищ, а имя Матюня — вполне реальная историческая форма, подтверждённая документами XVI–XVII веков.

С точки зрения сословного состава, носители фамилии Матюньковы в большинстве своём относились к крестьянству и посадским людям. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже косвенно подтверждает её «домашнее», бытовое происхождение. Фамилия не переделывалась и не облагораживалась — она осталась в том виде, в каком её записал в ревизские сказки местный писарь, услышав от крестьянина: «Мы, мол, Матюньковы, по деду Матюне».