Фамилия Маукенова — это женская форма, а мужская, Маукенов, образована по типичной для тюркских языков модели: к основе прибавляется русский патронимический суффикс -ов. Сама основа, Маукен, почти наверняка восходит к казахскому имени Маукен, которое, в свою очередь, является диалектной или уменьшительно-ласкательной формой от имени Мауыт (Мауит). Имя Мауыт — это казахский вариант арабского имени Мауид, что означает «обещание», «завет», «договор». В кочевой среде такие имена давали с пожеланием, чтобы человек держал слово и был верен уговору.

Разберём словообразовательную цепочку: Мауыт → Маукен (с характерным для казахского языка суффиксом -кен, который придаёт имени ласкательный или «младший» оттенок, как в именах Бекен, Серкен) → Маукенов (сын Маукена) → Маукенова (дочь или жена Маукена). Таким образом, фамилия буквально означает «принадлежащий к роду человека по имени Маукен».

Географически фамилия Маукенова почти не встречается за пределами Казахстана. Она характерна для южных и западных регионов республики, особенно для Кызылординской и Актюбинской областей, где сильны традиции родовых имён. Носители фамилии, скорее всего, относятся к казахским родам из состава Младшего или Среднего жуза, где имя Мауыт было распространено среди скотоводов и воинов.

В отличие от многих русских фамилий, которые застыли в форме прилагательного, Маукенова — это притяжательное прилагательное (чей? — Маукенова), что указывает на относительно позднее оформление, когда в XIX–XX веках у казахов начали массово записывать фамилии по отцу. До этого человека называли просто по имени: Маукен, а его сын был бы «Маукенұлы» (сын Маукена). Русский суффикс -ов закрепил эту связь в документах Российской империи и СССР.

Есть и редкая версия, что основа могла произойти от тюркского слова «мау» (голос, крик) с добавлением суффикса -кен, но она слабая: имя Маукен в казахских родословных чётко привязано к арабскому корню, а не к тюркскому звукоподражанию. Так что для носителей фамилии Маукенова главная нить — к имени предка, который был человеком слова.