Фамилия Маукенов — редкий случай, когда географический и этнический след в основе очевиден, а точное значение корня остаётся предметом спора. Она образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Маукенов, то есть сын или потомок Маукена. Мужское имя Маукен — вот ключевой элемент, и его происхождение ведёт нас в тюркоязычную среду, скорее всего казахскую или башкирскую.

Само имя Маукен — это, по всей видимости, производная форма от более древнего имени Мау (Маук) с уменьшительно-ласкательным аффиксом -кен, характерным для казахской антропонимии. Корень «Мау» восходит к арабскому «мауля» (господин, покровитель) или к тюркскому «мау» (связанному с понятием силы, могущества). Вторая версия, менее распространённая, связывает имя с диалектным словом «мау» — «медведь» в некоторых тюркских говорах, что могло быть обережным именем-пожеланием силы. Правдоподобнее первая: имена с компонентом «мауля» (Маулен, Маулит) встречаются у казахов и татар как религиозные, связанные с исламской традицией.

Географически фамилия Маукенов тяготеет к Западному Казахстану и прилегающим регионам России (Оренбуржье, Астраханская область). Это область расселения казахских родов, и фамилия могла закрепиться в ходе учёта казахов в XIX веке, когда русская администрация фиксировала имена по отчеству и добавляла русский суффиксальный формант. Сословно предки Маукеновых — скорее всего, скотоводы-кочевники или шаруа (вольные общинники), реже — представители родовой знати, если имя Мау было дано в честь уважаемого предка.

В русском языке фамилия сохранила тюркское ударение на втором слоге — Мау́кенов, хотя в бытовой речи нередко смещают на последний слог, подравнивая под более привычные русские фамилии на -ов. В документах XIX века встречаются варианты написания Маукенов и Маукинов — путаница из-за передачи тюркского гласного звука, близкого к «ы», через русское «и» или «е». Сейчас нормативным считается написание через «е».