Фамилия Маврушкина — женская форма, а её основа — мужская фамилия Маврушкин. В центре этой фамилии лежит не географическое название или профессия, а личное имя, причём довольно редкое и архаичное.

Маврушка — это уменьшительно-ласкательная форма от крестильного имени Мавр. Имя это пришло на Русь из Византии и в переводе с греческого означает «смуглый», «тёмный». В святцах почитается несколько святых с этим именем, самый известный из которых — святой Мавр, ученик святого Бенедикта Нурсийского. На Руси имя Мавр никогда не было распространённым, но встречалось, особенно в среде духовенства и в купеческих семьях, где традиционно держались за редкие календарные имена.

Фамилия образована по типичной восточнославянской модели: к основе имени (Маврушк-) добавился притяжательный суффикс -ин. Первоначально Маврушкин означало «чей?» — сын или внук человека по прозвищу Маврушка. Так в быту могли называть мужчину по имени Мавр, и это прозвище закрепилось за его потомками.

Географически фамилия Маврушкин (и Маврушкина) тяготеет к центральным и южным областям России, встречается в документах по Тамбовской, Рязанской и Воронежской губерниям. В этих регионах, где крестьянство было основным сословием, фамилии на -ин от редких имён — не редкость, они фиксируют необычное имя предка, которое вышло из употребления.

Стоит упомянуть, что в народной этимологии фамилию иногда связывают со словом «мавр» в значении «мавр» (житель Мавритании) или с «мавром» как прозвищем очень смуглого человека. Первая версия (от крестильного имени) — основная и документально подтверждается ономастическими справочниками, так как фамилии от полных и уменьшительных форм календарных имён составляют пласт в 60–70% всех русских фамилий. Версия с «мавром»-арапом — скорее поздняя, народная догадка, которая могла возникнуть уже после того, как имя Мавр забылось.