Фамилия Мазкун — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней нет привычного русского суффикса -ов или -ин, что сразу наводит на мысль: основа не славянская, а заимствованная, и фамилия, скорее всего, не крестьянская, а книжная или пришлая. Скорее всего, перед нами вариант фамилии Мазгун, где произошла замена звонкого «г» на глухой «к» — явление, встречающееся в говорах или при записи фамилии на слух.

Корень «маз-» отсылает к глаголу «мазать». В таком случае Мазгун — это прозвище человека, который постоянно пачкается, мажется, или же, напротив, того, кто занимается мазью: маляра, смазчика, а может, и знахаря, готовящего мази. Суффикс -ун в русских прозвищах активен и часто даёт именования по действию: врун, бегун, говорун. Мазгун — «тот, кто мажет». Фамилия Мазкун, таким образом, может быть фонетическим искажением этого прозвища.

Другая, менее вероятная версия ведёт к тюркским языкам. В них есть корни со значением «крепкий», «сильный» (ср. татарское «мазкун» — «устойчивый»). Если фамилия действительно тюркская, то её носитель мог получить её как характеристику характера или физической силы. Но эта версия слабее: фамилия нехарактерна для регионов массового расселения тюркских народов, а русская модель образования через суффикс -ун более естественна для фамилий на -ун.

География фамилии узкая. Встречается она в основном на юге России, в Краснодарском крае и Ростовской области. Это косвенно подтверждает версию о записи прозвища на слух в условиях смешения говоров. В официальных документах XIX века фамилия могла закрепиться в написании Мазкун из-за ошибки писаря или местного произношения, где «г» оглушалось перед глухим согласным или на конце слова.

В любом случае, фамилия Мазкун — не простая. Она либо хранит память о занятии предка-маляра или знахаря, либо является искажённым прозвищем, которое в исходном виде звучало как Мазгун.