Фамилия Медер — редкий для России случай, когда фамилия почти без изменений пришла из немецкого языка. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий, образованных суффиксами -ов, -ин или -ский, Медер не получил «обрусения» в виде окончания. Это прямая подсказка: перед нами, скорее всего, фамилия немецкого или прибалтийско-немецкого происхождения, которую в документах записали так, как она звучала в оригинале.

Основа фамилии восходит к немецкому слову «Mäder» или «Meder». В южных диалектах Германии так называли косца, человека, косящего траву или зерновые. Корень тот же, что в глаголе «mähen» — косить. То есть в основе лежит прозвище по роду занятий: предок носителя фамилии мог быть крестьянином, работающим на покосе, или наёмным работником, занятым уборкой урожая. Суффикс -er в немецком языке — типичный показатель профессии или деятеля (сравните: Bäcker — пекарь, Fischer — рыбак).

Встречается и другая версия, менее распространённая: в некоторых регионах Германии «Meder» могло быть топонимическим прозвищем — по названию населённого пункта Медер (например, в Баварии). В таком случае фамилия указывала на выходца из этого места.

В Российскую империю фамилия попала вместе с немецкими колонистами в XVIII–XIX веках, особенно во время переселения в Поволжье и Новороссию. Позже носители фамилии могли оказаться среди обрусевших немцев Прибалтики. В русском языке фамилия склоняется как существительное мужского рода (Медер, Медера, Медеру), но в женском варианте не склоняется. Из-за редкости фамилии её часто путают с похожей по звучанию, но совершенно другой по происхождению фамилией Медведев — общего между ними нет ничего.