Фамилия Мегенко звучит на украинский лад и почти наверняка сформировалась в среде, где были распространены фамилии на -енко. Суффикс -енко — один из самых характерных для украинской ономастики, он указывал на происхождение: «сын такого-то» или «потомок». В русском языке эту модель закрепили фамилии на -ов/-ев, а на юго-западе Руси, в землях современной Украины, прижился именно этот патронимический суффикс. Так что Мегенко — это буквально «сын Мегена» или «потомок Мегена».

Основа «Меген» — вот где главная загадка. Сходу подобрать к ней очевидное славянское слово или имя не получается. В украинских говорах нет корня «мег» в значении, которое легко легло бы в прозвище. Поэтому логичнее предположить, что в основе лежит либо адаптированное иноязычное имя, либо прозвище, пришедшее из тюркских или греческих диалектов Причерноморья. Например, тюркское «меген» может означать «крепкий», «могучий» — такое качество могли дать в прозвище сильному человеку. Другой вариант: искажённое греческое имя Меген (Μέγης), которое встречалось в византийской среде и могло попасть в славянскую среду через торговые или военные контакты.

Спорных версий здесь больше, чем точных данных. Иногда Мегенко связывают с глаголом «мегенути» (ударить, стукнуть) в некоторых западноукраинских говорах, но это локальная и не самая надёжная гипотеза. Правдоподобнее всё же видеть в основе личное прозвище или имя, а не бытовое действие. Если фамилия действительно украинская по происхождению, то её носители — выходцы из центральных или южных областей Украины, где такие патронимы на -енко особенно типичны.

Сословная принадлежность Мегенко, скорее всего, крестьянская или казацкая. Фамилии на -енко в массе своей закрепились за простыми людьми, которые не имели наследственного дворянства. Знатных родов с таким окончанием почти нет — это маркер демократической среды. В современных записях фамилия встречается редко, что подтверждает её локальный характер и, возможно, угасание исходного прозвища.