Фамилия Мекинко звучит нехарактерно для русского уха. Её основа и суффикс выдают южное, скорее всего украинское или белорусское, происхождение. Модель образования — типичная для восточнославянских фамилий на -енко: суффикс -енко (в просторечии часто редуцируется до -енк-, отсюда и написание через «к») означает «сын» или «потомок». Получается, что Мекинко — это «сын Меки» или «потомок Меки».

Что скрывается за основой «Мек-»? Здесь возможны два пути. Первый: это сокращённая, обиходная форма от церковного имени Мефодий или Максим. В народной среде такие имена легко ужимались: Мефодий превращался в Меху или Меку, а Максим — в Мекшу. Второй вариант, более редкий, но не менее правдоподобный: прозвище Мека. В украинских говорах «мекати» значит «мычать» или «блеять», а также, в переносном смысле, «говорить невнятно, запинаться». Прозвище Мека могли дать человеку с негромким голосом или неспешной речью.

Ударение в фамилии, скорее всего, падает на второй слог — Меки́нко, хотя в разных регионах могли ставить и на первый. В отличие от фамилий на -енко с чётким указанием на отчество (вроде Петренко — сын Петра), Мекинко — более тёмная фамилия: прямое имя Мека не зафиксировано в святцах, поэтому прозвищная версия выглядит весомее. Встречается фамилия в основном на Украине и в южных областях России, куда переселялись выходцы из Малороссии в XVIII-XIX веках. Дворянских родов с такой фамилией не отмечено — это крестьянская или казачья фамилия, закрепившаяся за родом по прозвищу предка.