Фамилия Мекинин образована по модели, которая широко представлена в ономастике восточных, западных и южных славян: к основе прозвища или имени добавлялся суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей-то»). Такой способ словообразования — один из самых древних в славянской традиции, и он отвечал на вопрос «чей ты будешь?». Сын, внук или человек, находившийся на службе у некоего Мекини, получал прозвище «Мекинин сын», которое со временем закрепилось как фамилия.

Основа фамилии — прозвище Мекиня. В русских говорах «мекина» (или «мякина») — это отходы при обмолоте зерна: шелуха, полова, измельчённая солома. Прозвище Мекиня могли дать человеку по разным причинам. Чаще всего так называли того, кто был худым, лёгким, «пустым» внутри, либо, напротив, крестьянина, чья работа была связана с веянием и очисткой зерна. Не исключено, что прозвище носило ироничный оттенок: так могли окрестить болтливого человека, чьи слова не имели веса, — «мелет языком, как мекину».

Вторая версия возводит основу к личному имени. В дохристианской Руси бытовали имена, образованные от названий растений, явлений природы и предметов быта. Имя Мекиня могло быть охранительным: родители называли так ребёнка, чтобы отвести от него «лишний» взгляд, — считалось, что имя с неблагозвучным значением («мякина», «полова») защитит от сглаза и привлечёт к ребёнку меньше внимания злых сил. Эта практика была распространена у славян повсеместно.

Суффикс -ин в фамилии Мекинин указывает на краткую форму притяжательного прилагательного. Такие фамилии чаще всего возникали в среде простого люда — крестьян, ремесленников, служилых людей. В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые могли носить и бояре, и дворяне, фамилии на -ин нередко сохраняли прямую связь с прозвищем родоначальника и реже подвергались переосмыслению.

География фамилии размыта. Мекинины встречаются в центральных русских областях, на Урале и в Сибири — туда фамилия попала с потоком переселенцев в XVII–XIX веках. В документах она фиксируется поздно, что типично для крестьянских фамилий: до отмены крепостного права большинство таких семей не имели закреплённого наследуемого именования, и фамилия могла писаться по-разному — Мекинин, Мекининъ, реже Микинин.

Родственные фамилии — Мекин, Мекинов, Мекиных, а также Мякинин, Мякишев. Последние образованы от той же основы «мякина», но с другим суффиксальным оформлением. Если Мекинин — это прямое указание на родство («сын Мекини»), то Мякишев указывает на прозвище Мякиш, которое могло иметь схожее значение — мягкий, податливый человек.

Известных исторических носителей фамилии Мекинин в открытых источниках не зафиксировано. Это не умаляет её ценности: такие фамилии — редкий пример того, как прозвище, данное по бытовой мелочи, пережило века и донесло до нас отголосок крестьянского быта.