Фамилия Мекинины отвечает на вопрос «чей?» и образована по древнейшей восточнославянской модели с суффиксом -ин. Такой способ именования закрепился на Руси ещё в домонгольскую эпоху: сначала он указывал на сына или дочь, затем — на жену, а позже стал наследственным родовым прозванием. Суффикс -ин присоединялся к основам на -а/-я, и фамилия Мекинин происходит от личного имени или прозвища Мекиня.

Само прозвище Мекиня, скорее всего, связано со словом «мекина» — так в южнорусских говорах называли мякину, то есть отходы при обмолоте зерна, полову. Прозвище могло достаться человеку по разным причинам: либо крестьянину, чья работа была связана с веянием и очисткой зерна, либо насмешливому соседу за лёгкость, «пустоту» характера, либо тому, кто жил на бедной, «мякинной» земле. Впрочем, в некоторых говорах «мекиной» называли также сплетню или пустую молву, поэтому прозвище могло отражать болтливость.

Менее вероятна, но возможна связь с каноническим именем Мелентий: в народной речи его могли сокращать и переделывать в Мекиню. Однако эта версия упирается в то, что от Мелентия чаще образовывались формы Мелентий, Мелентьев, а Мекиня выглядит для такого имени слишком далёкой переделкой. Поэтому версия с мякиной остаётся основной.

Фамилия Мекинины — редкая, и в этом её ценность для семейной истории. Подобные именования с суффиксом -ин от прозвищ на -я широко представлены у восточных, западных и южных славян, что делает фамилию частью общеславянского ономастического пласта. Однако окончательно говорить о точном времени и месте возникновения фамилии нельзя: такие прозвища возникали в разных местностях независимо друг от друга, и каждая ветвь рода могла получить своё прозвание отдельно.

В документах фамилия встречается редко, что типично для прозвищ, связанных с крестьянским бытом: они не попадали в ранние родословные книги, а закреплялись в основном в среде земледельцев и сельских ремесленников. Носители фамилии могут по праву гордиться ею как памятником славянской культуры, сохранившим память о занятиях и быте предков. Чтобы восстановить полную картину происхождения конкретной семьи Мекининых, потребуются серьёзные генеалогические изыскания: изучение писцовых книг, ревизских сказок и метрических записей.