Фамилия Мегерапупкин — редчайший случай русской фамилии, которая, скорее всего, не сложилась сама собой, а была сочинена. Большинство фамилий на -ин образованы от имён, прозвищ или профессий, но здесь основа состоит из двух частей: «Мегера» (мифическое божество мщения, имя одной из эриний в древнегреческой мифологии) и «пупкин» (от слова «пупок»). Такое сочетание выглядит нарочито нелепым.

Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»), а основа — прозвище. Но прозвище «Мегера» в русском быту — это не о мифологии. В народной речи «мегерой» называли сварливую, злую женщину. А «пупок» — просто часть тела, часто в шутливых или уничижительных прозвищах. Соединить их в одно слово мог только тот, кто хотел подшутить или дать намеренно гротескную характеристику.

Вероятный сценарий появления фамилии — это позднее искусственное творчество. В XIX–XX веках, когда крестьянам массово давали фамилии, писарь мог, устав от однообразия, составить такую из двух слов, услышанных от соседей. Или это прозвище дали в деревне человеку, чья жена славилась склочным нравом, а сам он был полноват, и со временем его записали в документы. Другой вариант — фамилия могла возникнуть в среде актёров или циркачей как сценическая кличка, позже закрепившаяся за потомками.

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) подобные двухосновные фамилии с несовместимыми корнями не описываются — это не типичная модель для русского языка, где фамилии обычно односложны по смыслу. География фамилии неизвестна, но, учитывая её редкость, можно предположить, что носители живут в одном-двух регионах, и фамилия не старше 150 лет.

Споров о происхождении тут нет: единственная реалистичная версия — прозвище, которое закрепилось как фамилия. Мифическая «Мегера» тут, скорее всего, не при чём, а «пупкин» — просто бытовая прибавка для узнаваемости. Если вы встретили Мегерапупкина, перед вами пример того, как народное остроумие или писарский произвол застыли в официальном документе.