Фамилия Мегерко — редкий пример, где суффикс -ко образован не от украинского или белорусского имени, а от прозвища, построенного на греческом заимствовании. Основа здесь — «мегер» или «мегера», и чтобы понять значение, нужно сразу разобраться с двумя разными корнями, которые могли дать эту фамилию.

Первый и самый очевидный вариант — от слова «мегера» в значении «сварливая, злая женщина». В древнегреческой мифологии Мегера — одна из эриний, богинь мщения, и её имя стало нарицательным для склочной особы. Прозвище Мегера могли дать мужчине с тяжёлым характером или вздорной женщине, а для мужчины-носителя прозвища фамилию образовали с типичным для западных и южных регионов суффиксом -ко: Мегерко — «сын или потомок Мегеры». Однако есть и вторая версия, менее распространённая, но правдоподобная для определённых местностей.

В южных и западных говорах слово «мегер» могло означать «мельник» или относиться к человеку, работающему с мукой, — от диалектного «мегерь» (мучная пыль, отруби). В этом случае Мегерко — профессиональное прозвище, указывающее на род занятий предка. Спор между этими двумя версиями решается просто: если фамилия встречается в районах с развитым мукомольным делом (например, на Подолье или в Черниговской губернии), то версия с мельником весомее. Если же носители сосредоточены в местах, где греческое влияние было сильнее (юг Украины, Причерноморье), то вероятнее мифологический корень.

Суффикс -ко в фамилии Мегерко — типичный для украинской и польской ономастики патронимический или уменьшительный формант. В отличие от русских фамилий на -ов/-ин, он не указывает на принадлежность к конкретному роду, а скорее фиксирует прозвище в неизменной форме. Географически фамилия тяготеет к западным областям Украины и югу Беларуси, но встречается и в центральных регионах России, куда могла попасть с переселенцами.

Однокоренных фамилий немного: Мегера, Мегеров, Мегеря. Все они редки, и Мегерко среди них выделяется именно суффиксом, который делает фамилию более «местной», привязанной к определённому говору. Никаких известных дворянских родов или исторических личностей с этой фамилией не зафиксировано — это фамилия крестьянская или мещанская, образованная от бытового прозвища.