Фамилия Мегеря — редкий случай, когда прозвищная основа и модель образования расходятся с привычным для русских фамилий путём. Сразу бросается в глаза суффикс -еря: он нетипичен для русского языка, но встречается в украинских и белорусских фамилиях, где указывает на носителя действия или характерного признака (как Гуля — Гуляка, Мазай — Мазайло). Мегеря, скорее всего, образована от прозвища Мегеря, а оно, в свою очередь, — от глагола «мегерить» или «мегрить», который в юго-западных говорах означал «ворчать, брюзжать, капризничать». Человек с таким прозвищем получал его за сварливый, неуживчивый нрав.

Есть и вторая, менее вероятная версия. В некоторых диалектах слово «мегеря» фиксировали как вариант «мегера» — ведьмы, злой женщины (от греческого «Мегера» — одна из эриний в мифологии). Но вряд ли прозвище давали напрямую по мифологическому персонажу: скорее, это бытовое переосмысление — «мегерой» в деревнях называли вздорную бабу. Однако фамилия Мегеря в основном мужская, что говорит в пользу первого объяснения: прозвище могли дать мужчине за ворчливость, а окончание -еря закрепилось по аналогии с другими прозвищными формами.

Географически фамилия тяготеет к западнорусским и украинским землям. Встречается в Черниговской, Сумской областях, а также на Брянщине — то есть в зоне, где смешивались русские и украинские говоры. В писцовых книгах XVII века фамилию не зафиксировали, что неудивительно: она из поздних, крестьянских — её давали в быту, а в официальные бумаги внесли только после отмены крепостного права, когда понадобилось массово закрепить фамилии за бывшими помещичьими крестьянами.

Интересно, что у фамилии нет типичного русского суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский). Мегеря — это застывшее прозвище в именительном падеже, что характерно для украинской модели (Шевченко, Ворона, Непийвода). Такие фамилии не склоняются по падежам в мужском роде, а женский вариант остаётся неизменным. Это ещё один аргумент в пользу того, что предки носителя фамилии жили на территории, где господствовала украинская ономастическая традиция, даже если сейчас они считают себя русскими.