Фамилия Мегерин — редкий случай, когда за простой на слух основой может скрываться сразу несколько версий, и выбор между ними зависит от того, где жили первые носители. С точки зрения словообразования всё прозрачно: суффикс -ин указывает на принадлежность по отцу или по старшему в роду: «чей?» — Мегерин, то есть сын или потомок некоего Мегеры. А вот что такое «Мегера» — вопрос.

Самая прямая версия отсылает к греческой мифологии: Мегера — одна из трёх эриний, богинь мщения. В переносном смысле «мегерой» в русском языке называли сварливую, злую женщину. Фамилия могла возникнуть как прозвище мужчины с тяжёлым характером, либо как охранительное имя: в народе верили, что если назвать человека «злым» словом, злые силы к нему не пристанут. Такая практика характерна для древнерусских имён-оберегов (Некрас, Нелюб, Злоба). Правдоподобность этой версии высока, но есть нюанс: слово «мегера» в бытовом значении вошло в русский язык довольно поздно, через литературу XVIII–XIX веков. Для более ранних веков надёжнее искать другой корень.

Вторая, и, пожалуй, более вероятная для центральной России, версия — топонимическая. Название деревни Мегери или Мегеры встречается в Новгородской и Псковской областях. В таком случае фамилия Мегерин — это не прозвище, а указание на выходца из этих мест: «он из Мегер». Корень «мегер» в северо-западных говорах мог быть связан с диалектным «мегора» — так в некоторых районах называли сухое, возвышенное место, гриву среди болот. Если предки жили на новгородчине, фамилия могла закрепиться как прозвище по месту жительства, а суффикс -ин оформил принадлежность к роду из этого урочища.

Третья, более спорная гипотеза — связь с тюркскими языками. В татарском и башкирском есть слово «мәгәр» (но, однако, ведь), но как из служебного слова могло возникнуть прозвище — неясно. Скорее всего, это случайное созвучие. Также существует фамилия Мегеров, образованная от той же основы, но с другим суффиксом, что указывает на возможное варьирование в документах XIX века.

Итог: носитель фамилии Мегерин с наибольшей вероятностью происходит из новгородско-псковского региона, где его предков прозвали по названию деревни или по особенности ландшафта. Мифологическая версия возможна, но менее обоснована исторически. Фамилия редкая, в общероссийских списках частотности не фигурирует, что говорит о её локальном происхождении и небольшом круге родственных семей.