Фамилия Мезеря — редкий случай, когда географический след в основе почти наверняка перевешивает прозвищную или именную версию. В русских фамилиях суффикс -я, особенно в безударной позиции, нехарактерен для исконных моделей на -ов/-ев или -ин. Чаще всего он указывает на украинское, белорусское или южнорусское происхождение, где -я могло быть либо остатком старой формы (типа Мезеря вместо Мезерев), либо фиксацией прозвища в чистом виде без патронимического суффикса. Но в случае с Мезеря есть более прямая и убедительная связь.

Самая вероятная основа — топоним Мезеря. В Подмосковье, в бывшем Звенигородском уезде, существовала деревня Мезеря (сейчас, возможно, урочище или вошла в состав другого населенного пункта). Название деревни, в свою очередь, могло произойти от диалектного слова «мезера» или «мезерье» — так в некоторых русских говорах называли болотистую, топкую местность, поросшую мелким лесом или кустарником. Слово это родственно финно-угорским корням (ср. мерянское или марийское «меж» — лес, чаща). Таким образом, фамилию Мезеря мог получить человек, выходец из этой деревни: «Мезеря» — тот, кто родом из Мезери. Такая модель, когда фамилия совпадает с названием места жительства без добавления суффикса, характерна для украинской и белорусской традиции, но встречается и в русских регионах, особенно среди крестьян, которых записывали по месту выхода.

Менее вероятна, но тоже возможна версия от личного имени или прозвища. В некоторых областях «мезера» или «мезерник» — пренебрежительное название нерасторопного, вялого человека или, наоборот, того, кто копается в мелочах (от глагола «мезерить» — мешкать, копаться). Однако эта гипотеза слабее, так как не подкреплена широкой распространенностью такого прозвища в письменных источниках. Версия с мерянским корнем, означающим «лесной человек», тоже экзотична и строится на созвучии, но не имеет прямых документальных подтверждений для данной фамилии.

С точки зрения географии, фамилия Мезеря встречается крайне редко, в основном в центральных областях России — Московской, Владимирской, Рязанской. Это подтверждает версию о локальном происхождении от конкретного топонима. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или однодворцами, которые в XIX веке получили фамилию по названию своей малой родины. Сословный состав, как и точная дата первого упоминания, остаются за рамками доступных данных — фамилия не настолько известна, чтобы ее фиксировали в ранних родословных книгах. Главное, что можно сказать с уверенностью: Мезеря — это не случайное созвучие, а ономастический след, ведущий в конкретное место, скорее всего, в подмосковную деревню с таким же названием.