Фамилия Меканькина — женская форма фамилии Меканькин, и её происхождение уходит в народную прозвищную культуру. Основа здесь — слово «мекать», которое в русских говорах означало «блеять по-овечьи» (от звукоподражания «ме-е»), а в переносном смысле — «говорить невнятно, мямлить» или «колебаться, раздумывать, быть нерешительным». Именно от глагола «мекать» в значении «запинаться, тянуть с ответом» и образовалось прозвище Меканя (или Меканька) — так могли назвать нерасторопного, медлительного человека или того, кто говорил тихо и сбивчиво.

Суффикс -ин в основе фамилии указывает на принадлежность: Меканькин — сын или потомок Меканьки. Форма с суффиксом -к- (Меканька) характерна для просторечных, уменьшительно-ласкательных или уничижительных прозвищ в XVI–XVII веках. Более редкий вариант — Меканькин, а не, скажем, Меканов — говорит о том, что прозвище было образовано не от полного имени (как в случае с Мекан, от греческого Мелетий), а именно от бытового, уличного прозвания.

Встречается фамилия преимущественно в центральных и северных областях России — в Вологодской, Костромской, Кировской областях, где диалектное слово «мекать» было особенно употребительно. В этих краях «мекуном» называли не только заику, но и того, кто «мекает» — то есть блеет, подражая козе или овце, что могло быть шутливым прозвищем пастуха или просто человека с гнусавым голосом.

Словарь русских фамилий (например, работы Б. Унбегауна) относит подобные образования к группе прозвищ, связанных с физическими или речевыми особенностями. Прямых аналогов у знаменитых людей нет — фамилия редкая, недворянская, крестьянская или мещанская. Её носители, скорее всего, были простыми людьми, получившими фамилию при переписях XVIII–XIX веков по уличному прозвищу предка. Никакой экзотической этимологии (от тюркского или финского корня) здесь не просматривается — корень чисто русский, звукоподражательный.