Фамилия Мекензон стоит особняком среди русских фамилий: её происхождение не славянское и не тюркское, а немецкое или еврейское (ашкеназское). Формант -зон (нем. -sohn, «сын») прямо указывает на германскую модель фамилии-патронима. В немецком языке Mekenson или Meckenzon означало бы «сын Мекена», где Мекен — краткая форма от имени Мекинг, Меккель или производное от древнегерманского имени с корнем *mag- («сила, мощь»). Однако в России подобные фамилии чаще всего фиксировались у еврейского населения западных губерний, где немецкий суффикс -зон приращивался к местным прозвищам или именам.

Если отбросить германскую этимологию, можно предположить адаптацию идишского варианта: фамилия могла возникнуть от местечкового прозвища Мекен (от ивритского имени Меир, Мекир или от слова מקנה — «скот, имущество») с добавлением немецкого -зон. В Российской империи такие фамилии в XIX веке часто давали кантонистам или приписывали при переходе в христианство, но это лишь одна из гипотез.

В русском контексте фамилия практически не встречается до XX века. Единичные носители Мекензон — это, как правило, потомки выходцев из черты оседлости (Беларусь, Украина, Прибалтика), которые могли заниматься мелкой торговлей, ремеслом или быть аптекарями. Встречается вариант написания Мекенсон — с «с» вместо «з», что характерно для немецкой орфографии (Mekenson), но в России закрепилась форма на «з». Географически фамилия крайне редка: в современных базах данных — не более нескольких десятков человек, в основном в Москве и Санкт-Петербурге, что подтверждает её позднее появление в русской среде.

Социальный контекст фамилии — типичный для «немецко-еврейского» пласта: носители не были дворянами или крестьянами, а принадлежали к городскому сословию — мещанам, купцам, интеллигенции. Если ваш предок носил эту фамилию до революции, с высокой вероятностью он жил в местечке или городе западных губерний, а сама фамилия фиксировалась в метрических книгах синагог или в ревизских сказках как Mekenzon.