Фамилия Мекешкины — редкий пример, где основа, скорее всего, не славянская, а тюркская. В этом её главная особенность. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ин (который отвечает на вопрос «чей?»), остаётся корень Мекешк-. А он явно восходит к личному имени Мекеш.

Вероятнее всего, Мекеш — это одна из народных, обиходных форм мусульманского имени Мухаммед (Магомед). В тюркских языках, особенно у татар и башкир, это имя часто упрощалось до Мамеш, Мемеш, а затем и до Мекеш. Такой путь прошли многие имена: сложное арабское имя «обкатывалось» в бытовой речи, теряя слоги, и давало начало новым прозвищам. Таким образом, прозвище Мекеш мог получить человек, носивший имя Мухаммед, либо его так называли в семье.

Далее к прозвищу Мекеш добавили уменьшительно-ласкательный суффикс -к-, получилось Мекешко. В русской традиции XV–XVII веков так могли назвать младшего члена семьи, ребёнка или просто человека небольшого роста или невысокого статуса. Фамилия Мекешкин (а затем и её множественная форма Мекешкины) образовалась по стандартной модели: «чей сын?» — Мекешкин, то есть сын Мекешки.

Встречаемость фамилии очень низкая. Основной ареал — Поволжье, особенно территории бывшей Казанской и Симбирской губерний, где веками жили бок о бок русские и татары. В метрических книгах XIX века Мекешкины числятся чаще всего государственными крестьянами. Никаких дворянских родов с такой фамилией не известно — это стопроцентно крестьянская фамилия, возникшая в среде, где русские и тюркские имена свободно смешивались.

Альтернативная версия, которая иногда встречается в любительских словарях, связывает Мекешкиных с диалектным словом «мекешка» — якобы так в некоторых говорах называли копну сена или неуклюжего человека. Но эта гипотеза слабая: во-первых, слово «мекешка» нигде не зафиксировано в авторитетных словарях русских говоров, а во-вторых, она не объясняет, почему фамилия почти не встречается за пределами Поволжья. Тюркское происхождение через имя Мухаммед выглядит и логичнее, и исторически обоснованнее.