Фамилия Мельхиседекова — редчайший случай в русской ономастике. Она образована не от мирского прозвища или профессии, а напрямую от библейского имени Мелхиседек (в церковнославянской передаче — Мельхиседек). В Ветхом Завете Мелхиседек — царь Салима и «священник Бога Всевышнего», который благословил Авраама. Имя древнееврейского происхождения, означает «царь правды» или «мой царь — правда». В православной традиции оно стало редким монашеским именем, а в народной среде почти не встречалось.

Фамилия стоит в женской форме (Мельхиседекова), мужской вариант — Мельхиседеков. Суффикс -ов указывает на типичную модель притяжательности: «чей?» — Мельхиседеков, то есть сын или потомок человека по имени Мельхиседек. Такие фамилии чаще всего получали дети священнослужителей, в монашестве или в миру носивших это имя. В крестьянской или купеческой среде имя Мельхиседек не прижилось из-за своей книжности и длинны.

Главная загадка фамилии — её география. В дореволюционных источниках Мельхиседековы встречаются крайне редко, в основном в центральных губерниях России, где были сильны старообрядческие общины. Старообрядцы нередко давали детям редкие библейские имена, чтобы подчеркнуть верность «древлему благочестию». Не исключено, что предок Мельхиседековых был либо священником-старообрядцем, либо пономарём, либо просто начётчиком, выбравшим для сына необычное имя в честь ветхозаветного первосвященника.

Встречается и альтернативная версия: фамилия могла возникнуть в семинарской среде. В духовных училищах ученикам нередко давали фамилии по именам святых или библейских персонажей — так появлялись Авраамовы, Соломоновы, Иеремиевы. Мельхиседеков мог получить «искусственную» фамилию при поступлении в семинарию, если его собственная фамилия была слишком простой или неблагозвучной. Однако в пользу «естественного» происхождения говорит редкость имени: в семинариях чаще брали распространённые имена (Иоанн, Павел), а не такие экзотические.

В современной России фамилия остаётся единичной. По данным открытых телефонных справочников и баз переписи, носителей Мельхиседековых — буквально несколько десятков человек на всю страну. Это делает её не столько фамилией, сколько маркером уникальной семейной истории, уходящей корнями в русское религиозное подполье или духовное сословие.