Фамилия Мэлконян — армянская по происхождению, и её разбор стоит начать с суффикса -ян, который в армянской ономастике выполняет ту же роль, что русские -ов или -ин: указывает на принадлежность, родство, происхождение от предка. Дословно «из рода такого-то» или «сын такого-то». В западном варианте написания фамилия часто оканчивается на -ян (в восточном — на -янц, но это реже). В основе лежит личное имя Мэлкон — армянская форма имени Мелкиор (Мельхиор), одного из библейских волхвов, принёсших дары младенцу Иисусу. В армянской традиции это имя закрепилось как Мэлкон или Мелкон, и от него образовалась фамилия Мэлконян — буквально «потомок Мэлкона».

Написание через «э» (Мэлконян) встречается не так часто, как через «е» (Мелконян), и может указывать на особенности произношения в конкретном диалекте или на запись фамилии при паспортизации в советское время, когда русская «э» передавала более твёрдый звук в начале корня. В самой Армении фамилия распространена в нескольких вариантах: Мелконян, Мэлконян, реже Мелкумян или Мелконянц. Географически носители фамилии традиционно связаны с регионами Западной Армении (исторические области Васпуракан, Сасун), откуда после геноцида 1915 года многие переселились в Восточную Армению, а затем в диаспору — в Россию, США, Францию, Ливан.

По социальному контексту фамилия Мэлконян не указывает на конкретное ремесло или сословие: она относится к группе патронимических фамилий, образованных от христианских имён. Предки носителя могли быть крестьянами, ремесленниками или священниками — имя Мэлкон не было аристократическим, но и не считалось простонародным. В армянской среде фамилии на -ян массово закрепились в XIX веке, когда Российская империя ввела обязательные фамилии для всех подданных, и многие армяне получили фамилии по имени отца или деда. Таким образом, Мэлконян — одна из типичных армянских фамилий библейского корня, без редких суффиксов или аномалий, но с характерной особенностью в написании через «э», которая может помочь при поиске в архивах.