Фамилия Менкенасунов — редкая и сложная по составу, её разбор требует обращения сразу к нескольким языковым пластам. Скорее всего, перед нами пример искусственной или семинарской фамилии, созданной в духовной среде (семинарии, академии) из греческого или латинского корня. Основа «Менкенасун» может быть переосмыслением греческого слова «μεγκενασούν» или латинского «mencenasun» — искажённого «Mecēnas» (Меценат). Меценат — имя римского всадника, покровителя искусств, ставшее нарицательным. В семинариях будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от имён античных деятелей или добродетелей, чтобы подчеркнуть их образованность и высокое призвание.

Суффикс «-ов» в конце фамилии указывает на типичную русскую модель притяжательности: «чей?» — Менкенасунов, то есть «сын (или потомок) Менкенасуна». Однако в данном случае «Менкенасун» — не реальное имя, а книжное прозвище. В XIX веке такие фамилии встречались в среде духовенства, особенно в южных и центральных губерниях Российской империи. Если бы фамилия была народной, она звучала бы как Менкенасов или Менкенасовский, но форма с «-ун» и «-ов» выдаёт искусственное происхождение.

Другая, менее вероятная версия — связь с тюркскими или монгольскими языками, где «менке» может означать «вечный», а «насун» — «потомство» или «род». В этом случае фамилия могла возникнуть в среде крещёных татар или калмыков, но тогда окончание было бы «-ов» без «-ун» (Менкенасов). Наличие «-ун» в середине скорее говорит о попытке передать греческое окончание «-ούν» в русской транскрипции.

Поскольку фамилия редкая и не встречается в массовых базах, её носители, вероятно, происходят из небольшого рода потомственных священников или учителей. В дореволюционных метриках такую фамилию могли носить выпускники духовных семинарий, например, Казанской или Киевской академий. После революции фамилия могла утратить связь с исходным значением и остаться просто родовым именем. Сегодня она сохранилась в единичных семьях, и её обладатели — скорее всего, потомки тех самых семинаристов, чьи предки когда-то взяли себе звучное книжное прозвище в честь римского покровителя искусств.