Фамилия Менкенов — редкий случай, когда географический адрес оказывается едва ли не важнее корня. Скорее всего, перед нами калмыцкая фамилия, и её основа — Менке — восходит к калмыцкому «мөңк» (вечный, бессмертный). В калмыцкой ономастике имя Менке (или Менген) давали с пожеланием долгой жизни, и от него по модели -ов образовалась фамилия. Русский суффикс -ов здесь работает как стандартный патронимический показатель, адаптирующий нерусское имя к документам Российской империи.

Однако есть и другая версия, менее вероятная, но любопытная. В немецком языке Mönken — форма от Mönch (монах), а фамилии с окончанием -ен (-en) встречаются у балтийских немцев. Менкенов могло возникнуть при обрусении немецкой фамилии Менкен (Mönken) добавлением -ов. Но для этой гипотезы нет массовых подтверждений: фамилия Менкенов почти не встречается в западных регионах России, где жили немцы, зато компактно бытует в Калмыкии и соседних областях.

Калмыцкое происхождение подтверждается и структурой. Фамилии на -ов у калмыков — норма: это калька с русского патронимического суффикса, наложенная на национальные имена (ср. Бадмаев, Улюмджиев). Менкенов — типичный пример такой русификации: исходное Менке (имя) → Менкен (основа с русским суффиксом принадлежности -ин, который позже заменили на -ов) → Менкенов. Встречается также вариант Менкеев, где сохранён исходный гласный основы.

В документах XIX века носители фамилии фиксируются среди калмыков-казаков Астраханского войска. Это значит, что предки Менкеновых, скорее всего, были не монахами и не немецкими колонистами, а степными скотоводами, получившими фамилию при учёте в казачье сословие. Фамилия осталась редкой — по переписям XXI века её носителей в России не более нескольких сотен человек, и основная часть живёт в Калмыкии, Астраханской и Волгоградской областях.