Фамилия Манкенов — одна из тех, чей корень уверенно указывает на восточное, а точнее — казахское происхождение. Основная версия связывает её с мужским именем Манкен. Как и многие древние тюркские имена, оно составное. Первая часть, «ман», восходит к древнетюркскому слову со значением «человек». Вторая часть — «кен» — в казахском языке означает «рудник», «ископаемое», «богатство недр». Складываясь вместе, имя Манкен могло нести пожелание ребёнку жизни, полной достатка и удачи, буквально — «человек-богатство».

Однако у фамилии есть и вторая, не менее интересная версия, связанная с географией. В Южном Казахстане, в Сайрамском районе, существует село Манкен. В таком случае фамилия Манкенов могла образоваться не от личного имени, а от названия этого населённого пункта. По этой логике, первый носитель фамилии был выходцем из Манкена, и прозвище «Манкенов» означало «тот, кто из Манкена» — типичный для русской и тюркской традиции способ закрепить за человеком место его рождения или проживания.

Словообразовательная модель здесь проста: к основе «Манкен» добавился русский патронимический суффикс -ов, который «обрусел» фамилию и сделал её привычной для документов Российской империи и СССР. Именно поэтому сегодня мы видим форму Манкенов, а не, скажем, Манкенұлы.

Какая из двух версий правдоподобнее? Обе имеют право на существование. Географическая версия сильна тем, что село Манкен реально существует, а фамилии, образованные от названий деревень и аулов, — массовое явление в среде казахов, получивших фамилии на -ов/-ев в XIX—XX веках. Именная версия тоже логична, но имя Манкен встречается реже, чем топоним, что делает «географический» след чуть более весомым. Впрочем, не исключено, что фамилия возникла в обоих случаях независимо: и от имени, и от названия села.