Фамилия Маекенов — редкая и, судя по её строению, скорее всего, тюркского происхождения. В русском языке она оформлена по стандартной патронимической модели: к основе прибавлен русский патронимический суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Маекенов). Это значит, что в основе лежит личное имя или прозвище Маекен.

Разбираем основу. Она состоит из двух частей: «Май» и «кен». В тюркских языках (особенно казахском, киргизском, татарском) компонент «кен» (или «ген») означает «широкий», «просторный», а также часто встречается в именах со значением «богатырь», «сильный» или как суффикс, образующий имена. «Май» может восходить к арабскому имени «Май» (означает «обезьяна» — редкое, но встречающееся в мусульманских именах), либо к тюркскому «май» — «масло», «жир», что в переносном смысле могло означать «упитанный», «зажиточный». Вторая версия: «Май» — это искажённое «Мамыр» (спокойный, мирный) или «Майдан» (площадь, поле).

Наиболее правдоподобная версия — фамилия образована от составного имени Майкен (Май-кен), где первая часть — личное имя, а вторая — усилительная частица «кен» («истинный», «настоящий»). Таким образом, Маекен могло означать «истинный Май» или «настоящий богатырь». Фамилии на -ов в тюркской среде стали массово появляться в XIX — начале XX века, когда при переписях и в документах к тюркским именам добавляли русские окончания. Носители фамилии Маекенов, скорее всего, происходят из казахов, киргизов или татар, возможно, из Оренбургской, Астраханской областей или Казахстана.

Словообразовательная модель здесь необычна тем, что в русском языке основа «Маекен» не делится на привычные славянские корни. Это типичный пример «гибридной» фамилии: тюркское имя + русский суффикс. Встречаются также варианты написания Майкенов, но форма Маекенов с гласной «е» после «й» (через «е», а не «ё») указывает на то, что в исходном произношении звук «й» смягчался, и в русской записи это передалось как «е». Таких фамилий — единицы, что говорит о её локальном бытовании, возможно, в пределах одного рода или аула.