Фамилия Манкеев — один из тех случаев, когда за привычным русским окончанием скрывается нерусская, скорее всего тюркская, основа. Суффикс -ев указывает на типичную модель русской фамилии: так оформляли прозвища или имена, которые оканчивались на мягкий согласный или на -й. Но корень «Манкей» в славянских языках не встречается, и его происхождение ведет нас в степные или кавказские регионы.

Наиболее правдоподобная версия связывает фамилию с тюркским личным именем Манкей. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) это имя могло означать «вечный», «постоянный» или восходить к слову «ман» — родинка, отметина. Такие имена часто давали детям как обереги или по внешним признакам. Соответственно, Манкеев — это потомок человека по имени Манкей. В русских документах XVI–XVII веков, особенно в пограничных с «Диким полем» уездах, подобные фамилии фиксировались у служилых татар, перешедших на русскую службу, и у крещёных инородцев.

Менее вероятна, но возможна связь с калмыцким словом «манха» — «глупый», «бестолковый». В этом случае Манкеем могли прозвать человека с необычным поведением, и прозвище закрепилось за его родом. Однако эта версия слабее, так как прозвища с негативным оттенком реже становились основой для фамилий у тюркских народов, если только не были даны в шутку или как второе, бытовое имя.

Географически фамилия Манкеев распространена нешироко, но имеет заметный очаг в Поволжье и на Урале, особенно среди татар и башкир. В русском контексте она встречается реже и, скорее всего, указывает на предка, вышедшего из тюркской среды. Таким образом, Манкеев — типичная фамилия-маркер этнического и культурного пограничья, где русская форма скрывает степные корни.