Фамилия Меншагиев — редкий случай, когда корень слова почти наверняка указывает на физическую особенность предка. В основе лежит древнерусское прилагательное «меньший» или «менший» — то есть младший по возрасту, меньший по росту или положению. Форма «Меншага» — это разговорное прозвище, образованное по той же модели, что «Меньшой» или «Меншик». Суффикс -аг(а) придавал слову оттенок фамильярности или уменьшительности, как в именах Добряга, Скоряга, Коряга. Таким образом, Меншага — это «младшенький», «малыш», «недоросль».

Модель образования фамилии — типично русская, с суффиксом -ев, который присоединялся к основам на мягкий согласный или -а/-я. «Меншагиев» буквально значит «сын Меншаги». Важно, что это не отчество от крестильного имени, а именно от прозвища. В русской ономастике фамилии на -агиев встречаются нечасто, что делает Меншагиева заметной на общем фоне: большинство фамилий от слова «меньшой» заканчиваются на -ов (Меньшов, Меньшиков).

Географически фамилия тяготеет к северным и центральным областям России. В переписных книгах XVII века нередко встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Меньшой или Меншага — так называли младшего сына в семье, чтобы отличать его от отца или старших братьев. В условиях, когда фамилий ещё не было, прозвище Меншага могло закрепиться за целым родом. Со временем, при переходе к обязательным фамилиям в XIX веке, оно и дало форму Меншагиев.

В отличие от фамилий, образованных от тюркских или финно-угорских корней (тут можно было бы предположить связь со словом «мен» — «я» в тюркских языках), Меншагиев — исконно русская по словообразованию. Тюркская версия маловероятна, так как суффикс -агиев нехарактерен для татарских или башкирских фамилий, где преобладают -ов/-ев при тюркской основе. Поэтому, скорее всего, предок носителя этой фамилии был просто «младшеньким» в своей семье, и это прозвище пережило века.