Фамилия Мерелайнэ — редкий случай в русском ономастиконе, и её происхождение лежит за пределами славянской традиции. С первого взгляда заметен нехарактерный для русских фамилий суффикс -нэ, который указывает на финно-угорские корни, скорее всего, на эстонский язык. В эстонском языке фамилии на -не (-ne) довольно распространены, и Мерелайнэ, вероятно, является вариантом написания или произношения эстонской фамилии Merelaine.

Основа фамилии прозрачна: meri — «море» и laine — «волна». Таким образом, Мерелайнэ буквально означает «морская волна». Это не прозвище по ремеслу или внешности, а скорее поэтическое или природное именование, что характерно для более поздних эстонских фамилий, которые нередко образовывались от названий явлений природы. Предок носителя такой фамилии мог жить на побережье или быть связан с морем — рыбаком, мореходом, — но сама фамилия не описывает конкретное занятие, а скорее даёт образную характеристику.

В русском языке фамилия Мерелайнэ сохранила иноязычное окончание, не склоняясь по падежам (как и многие фамилии на -э, -о, -у). Встречается она в основном на северо-западе России, в регионах, граничащих с Эстонией, — в Ленинградской, Псковской областях, а также в Санкт-Петербурге. В эстонском языке фамилия Merelaine могла писаться и произноситься иначе, но в русской передаче закрепился именно такой вариант.

Если сравнивать с другими фамилиями той же модели, можно вспомнить эстонские фамилии Лиллелане (lillelaine — «цветочная волна») или Туулелане (tuulelaine — «ветровая волна»), но Мерелайнэ — одна из самых прозрачных по смыслу. Никакой другой версии происхождения, кроме финно-угорской, у этой фамилии нет — славянские корни здесь полностью исключены.