Фамилия Мерисеева — женская форма, но разбирать её логичнее через мужской вариант Мерисеев, от которого она образована. Это редкая русская фамилия, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять корень, нужно отбросить фамильный суффикс -ев, который в русской ономастике указывает на принадлежность («чей?» — сын Мерисея). Основа — Мерисей.

Самая прямая версия: Мерисей — это народная, разговорная форма крестильного имени Меркурий. В просторечии сложные имена часто укорачивали и переделывали на свой лад. Меркурий (от латинского «торговец», «купец») в быту мог звучать как Меркуша, Меркул, а также Мерисей. Суффикс -ей в данном случае — типичный для русских уменьшительных форм (сравните: Тимофей — Тимоша, но есть и форма Тимоха; от Меркурия — Меркуша и Мерисей). Таким образом, Мерисеев — «сын Мерисея», то есть потомок человека по имени Мерисей (Меркурий). Имя Меркурий было популярно в среде духовенства и купечества, но в крестьянской среде встречалось реже, поэтому фамилия может указывать на происхождение из семьи священнослужителя или торгового человека.

Вторая, менее вероятная версия, — от прозвища, связанного с диалектным словом. В некоторых говорах «мерись» или «мерясь» могло означать человека, который всё меряет, перемеряет, то есть дотошного, придирчивого. Однако эта гипотеза слабая, так как нет устойчивого слова «мерисей» в значении «меряющий» — чаще использовались «меря», «мерщик». Прозвищная версия уступает имени собственной по частоте встречаемости в русских фамилиях.

Фамилия Мерисеев (и Мерисеева) — не массовая. Она не попала в классические своды Б. Унбегауна или В. Никонова как отдельная статья, что говорит о её локальном бытовании. Скорее всего, она возникла в центральных или северных губерниях России, где имя Меркурий было в ходу. Обратите внимание на ударение: в фамилии оно, вероятнее всего, падает на третий слог — Мерисе́ев (от имени Мерисе́й), хотя в разговорной речи возможны варианты. По сути, это редкий пример того, как церковное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в фамилии, сохранив почти неузнаваемый облик.