Фамилия Мериина — редкий случай, когда написание подсказывает происхождение точнее, чем звучание. Ударение, скорее всего, падает на второй слог: Мери́ина. Формально перед нами типичная «материнская» фамилия на -ин, образованная от женского имени или прозвища. Но основа здесь неочевидна.

Самый вероятный корень — Меря. В русской антропонимии так называли человека из финно-угорского племени меря, которое жило на территории современных Ярославской, Костромской, Ивановской и Владимирской областей. Прозвище Меря давали либо выходцу из тех земель, либо человеку, напоминавшему местных жителей чертами или говором. Тогда фамилия Мериина — это «дочь (или жена) Мери», то есть женщина, чей муж или отец носил прозвище Меря. Мужской вариант — Мериин — почти не встречается, а женская форма закрепилась, если речь шла о вдове или о девушке, которая стала главой семьи.

Менее вероятна, но возможна связь с крестильным именем Меркурий (в просторечии Меркул или Меря). Уменьшительная форма Меря могла дать фамилию Мериин, а от неё — Мериина. Однако в этом случае логичнее было бы ждать фамилию Меркурьев или Меркушин.

Фамилия крайне редкая. Поиск по открытым базам показывает единичные случаи в центральной России, что косвенно подтверждает версию о племенной основе: прозвище Меря было локальным и со временем почти исчезло. В отличие от массовых фамилий на -ов, Мериина сохранила архаичную модель, где суффикс -ин указывает на прямую принадлежность конкретному человеку, а не на род по отцу.