Фамилия Мерзеханова — одна из тех, где в основе лежит не славянское имя или прозвище, а восточный, скорее всего тюркский, антропоним. Её ядро — мужское имя Мерзехан, которое состоит из двух частей. Первая, «Мерзе» (в разных диалектах может звучать как «Мирза», «Мурза»), восходит к персидскому «мирза» — «сын эмира», «князь», «господин» или просто «писарь» (в более позднем, бытовом значении). Вторая часть — «хан» (тюркское «повелитель, владыка»). Таким образом, имя Мерзехан можно перевести как «господин-хан» или «княжеский хан» — типичный для тюркских народов композит, подчёркивающий знатность или уважение к носителю.

Суффикс «-ов» в окончании фамилии — это чисто русский патронимический показатель. Он указывает на принадлежность: Мерзеханова — «дочь (или жена) Мерзехана». В русской традиции фамилии с таким суффиксом обычно образовывались от имени отца. Поэтому первый носитель фамилии, скорее всего, был мужчиной по имени Мерзехан, а его дети или внуки, попав в русскоязычную среду (например, при переписи или крещении), получили фамилию по отцу. Фактически, это калька с тюркской модели «оглы/кызы» (сын/дочь), переведённая на русский грамматический строй.

География фамилии Мерзеханова в России и на постсоветском пространстве почти наверняка привязана к регионам с сильным тюркским населением: Татарстан, Башкортостан, Кавказ (особенно Дагестан, Чечня, Ингушетия), а также Астраханская и Оренбургская области. Именно там имя Мерзехан (или его варианты — Мирзахан, Мурзахан) было распространено как личное. Сейчас фамилия встречается редко, что говорит о её локальном происхождении — она не получила массового распространения, а осталась в пределах одного-двух родов.

Интересная деталь: в фамилии Мерзеханова сохранилась архаичная форма основы. В современном татарском или казахском языке имя чаще звучало бы как Мирзахан. Форма «Мерзе» — это диалектный или исторический вариант, который закрепился в документах именно в таком виде. Это делает фамилию своего рода лингвистическим маркером: она может указывать на конкретную этническую группу или даже на род, где имя передавалось в неизменной, старинной огласовке.