Фамилия Месенко звучит как типичная украинская фамилия, и это первое, что бросается в глаза. Суффикс -енко — один из самых распространённых в Украине, он образует фамилии, означающие «сын» или «потомок». По этой модели Месенко — буквально «сын Меся» или «потомок Меся». Вопрос упирается в то, что такое «Месь» или «Меса».

Здесь возможны два основных пути. Первый — сокращение от имени. В православных святцах есть имя Месений (от греческого «месос» — средний). В быту оно могло сократиться до Месь, а от него уже пошли фамилии Месенко, Месев, Месеин. Но это редкое имя, и массового распространения оно не получило.

Второй путь — прозвище. В украинских говорах слово «мес» или «меса» могло означать человека, который месит тесто, то есть пекаря. Такое прозвище давали по ремеслу: «мес» — тот, кто месит. Отсюда прямая дорога к фамилии Месенко. Версия с пекарем выглядит правдоподобнее: ремёсла давали прозвища часто, а имя Месений было редким. К тому же, в украинском языке есть глагол «місити» (месить), и прозвище «Міс» или «Месь» для хлебопёка — логично.

Географически фамилия Месенко чаще всего встречается в центральных и восточных областях Украины, а также в приграничных районах России. Это подтверждает её украинское происхождение. Встречаются и редкие варианты написания — Месенько, что указывает на мягкое произношение основы.

Таким образом, предок носителя фамилии Месенко с высокой вероятностью был пекарем или хлебопёком, которого в деревне прозвали Месь или Меса за его работу. Редкая версия с именем Месений не исключена, но менее вероятна. Фамилия не относится к дворянским, она из народной среды, что и делает её историю простой и понятной.