Фамилия Мещалкина — женская форма фамилии Мещалкин, и её происхождение напрямую связано с прозвищем родоначальника. Основа — глагол «мешать» в его старом, бытовом значении. В русских говорах «мешалкой» называли не только кухонную утварь для размешивания, но и человека, который везде вмешивается, создаёт суету или путаницу. Это типичное прозвище по характеру или поведению: так могли прозвать непоседливого, беспокойного человека, который любил совать нос в чужие дела или, наоборот, был неловким и всё портил. Суффикс -к- в основе указывает на предметность или лицо, совершающее действие, а затем к основе «Мешалк(а)» добавился притяжательный суффикс -ин, характерный для русских фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я. Таким образом, Мещалкин — буквально «сын Мешалки», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Стоит обратить внимание на чередование корневых согласных: в исходном глаголе «мешать» звук [ш], а в фамилии — [щ]. Это не опечатка, а закономерный фонетический процесс в русском языке: в сочетании «ш» с последующим «к» или в некоторых говорах происходило смягчение и переход в «щ» (сравните: «мешать» — «мещалка»). Вариант Мещалкин (а не Мешалкин) — более старая, диалектная или просторечная форма, которая закрепилась в фамилии.

Географически фамилия Мещалкина встречается преимущественно в центральных и северных регионах России, особенно в бывших Вологодской, Костромской и Ярославской губерниях. В этих местах слово «мещалка» в значении «суетливый человек» было в ходу. Фамилия не принадлежит к числу дворянских или купеческих — это типично крестьянское или посадское прозвание, которое фиксировали в переписных книгах за конкретной семьёй. В словаре Б. Унбегауна «Русские фамилии» модель на -ин от прозвищ на -ка описана как одна из самых распространённых, и Мещалкин — её рядовой, но яркий пример, сохранивший звуковой облик живой народной речи.