Фамилия Мещалкин — редкий случай, когда прозвище почти наверняка связано с речью. Её основа — глагол «мешать» в старом значении «говорить сбивчиво, путано, заикаться» или «говорить не то, перебивать». В диалектах слово «мешало» означало заику, а «мешалка» — болтуна, человека, который сбивает других с толку своей речью. Таким образом, Мещалкин — это потомок того, кого в деревне прозвали Мешалкой за манеру говорить.

Образование фамилии идёт по продуктивной модели: прозвище на -а/-я (Мешала, Мешалка) плюс притяжательный суффикс -ин, указывающий на принадлежность («чей?» — «Мешалкин сын»). Это типично для русских фамилий центральных и северных губерний. Суффикс -к- в основе не уменьшительно-ласкательный, а скорее субстантивирующий — он превращает глагольное действие в имя человека.

Встречается и менее вероятная версия: от слова «мешалка» как инструмента для перемешивания — тогда прозвище могли дать повару или работнику, занятому на мельнице или в красильне. Но связь с речью выглядит убедительнее, потому что в русской ономастике целый ряд фамилий (Балтунов, Вралёв, Говорухин, Заикин) образован именно от речевых особенностей. Мещалкин стоит в этом ряду, хотя и реже встречается.

Фамилия недвусмысленно русская, с прозрачной внутренней формой. В дореволюционных источниках она фиксируется преимущественно в Поволжье и на Урале — в Пермской, Вятской, Самарской губерниях. Сейчас носителей немного, но фамилия не исчезла и встречается в разных регионах России.