Фамилия Мешкелеева — женская форма, а её основа, мужская фамилия Мешкелеев, образована по модели, характерной для тюркских народов, но с русским суффиксом. Ключ к разгадке — в корне «мешкел» или «мешкелей», который напрямую связан с тюркским словом «мешкел» (или «мушкель») — «трудность», «затруднение», «сложность». В казахском, башкирском и татарском языках это слово означает «трудный», «запутанный», «тяжёлый».

Скорее всего, прозвище Мешкелей давали человеку, который сталкивался с частыми жизненными трудностями, был неудачлив или, напротив, отличался сложным, упрямым характером — «трудный» человек. В тюркской среде такие прозвища не несли резко отрицательного оттенка, а скорее описывали особенность судьбы или поведения. Суффикс «-еев» (вариант «-ев») указывает на русскую адаптацию: к тюркской основе добавили фамильный формант, который означал принадлежность — «сын (или потомок) Мешкелея».

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским субстратом: Оренбуржье, Башкортостан, Татарстан, Челябинская область. Встречается она нечасто, что говорит о локальном происхождении — возможно, от прозвища одного человека, которое закрепилось в одном селе или роде. В русских переписных книгах XVIII–XIX веков подобные фамилии фиксировались у тептярей и башкир, переходивших на оседлость, а также у крестьян смешанного происхождения.

Интересная деталь: в отличие от распространённых фамилий на «-ов» от имени или профессии, Мешкелеев стоит в ряду «характерологических» прозвищ. Такие фамилии реже давали по роду занятий и чаще — по личной примете. Здесь нет связи с ремеслом или названием животного — только человеческая черта, запечатлённая в языке.