Фамилия Мешулин — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичного русского суффикса -ов/-ев или -ин, что сразу наводит на мысль: перед нами не крестьянская «патронимическая» фамилия, образованная от имени отца, а скорее прозвищная или заимствованная модель. Корень «мешул-» в русском языке не встречается, зато он хорошо узнаваем в еврейской ономастике.

Скорее всего, Мешулин — это вариант фамилии Мешулам, которая восходит к библейскому имени Мешулам (иврит: משולם — «завершённый», «совершенный», «возмещённый»). В Библии так звали нескольких персонажей, в том числе одного из сподвижников Ездры. Окончание -ин в русском языке часто добавлялось к фамилиям выходцев из еврейских местечек, особенно при адаптации в документах Российской империи: так Мешулам превращался в Мешулина, а его потомки — в Мешулиных. Суффикс -ин здесь работает как притяжательный: «сын Мешулама».

Вероятно, предки носителя фамилии жили в черте оседлости — на территории современных Беларуси, Украины, Литвы или Польши. Фамилия могла быть записана в метрических книгах или ревизских сказках именно в такой форме. Встречается также написание Мешулин с ударением на второй слог, что подтверждает связь с исходным именем.

Менее вероятная, но возможная версия — связь с фамилией Мешулов, где основа «мешул» могла быть прозвищем от диалектного глагола «мешулить» (путать, мешать, сбивать с толку). Однако такая гипотеза не подкреплена ни словарями русских говоров, ни распространённостью — в отличие от библейского имени, которое даёт чёткую и логичную этимологию. Поэтому основной версией остаётся именно происхождение от древнееврейского имени Мешулам.