Фамилия Месис — редкий случай, когда фамилия почти наверняка не исконно русская, а пришла из еврейской традиции, причём с довольно прозрачной географической привязкой. В отличие от типичных русских фамилий на -ов или -ин, окончание -ис выдаёт в ней литовско-белорусское или латышское влияние, характерное для фамилий балтийских евреев.

Основа фамилии — мужское имя Месис. Это не библейский персонаж, а, скорее всего, вариант имени Мешулам (Мешилём) или уменьшительная форма от имени Меир. В идише и в разговорной речи восточноевропейских евреев такие сокращения были обычным делом: длинное имя ужималось до двух-трёх слогов. Суффикс -ис в данном случае — это не русский суффикс, а окончание, которое в польском, литовском и белорусском языках часто передавало имена и прозвища, заканчивающиеся на твёрдый согласный. По сути, перед нами патроним: «Месис» — это «сын Меси» или «потомок Меси».

География фамилии подтверждает эту версию. Основная часть носителей фамилии Месис исторически проживала на территории Литвы, Латвии и северо-западных губерний Российской империи (Виленская, Ковенская губернии). Встречается она и среди еврейских общин Беларуси. Русских крестьян с такой фамилией практически не бывает — слово «месис» не имеет славянской внутренней формы (в отличие от «Мешков» или «Мешаев»), и попытки связать её с глаголом «месить» лингвистически несостоятельны: суффикс -ис нехарактерен для русских прозвищ, образованных от действий.

Таким образом, предки носителя фамилии Месис — скорее всего, евреи из черты оседлости, жившие на территории современной Литвы или Латвии. Фамилия фиксировала имя отца или деда, которого в быту звали Месис. Сословно это могли быть и ремесленники, и торговцы, и раввины — фамилия не указывает на профессию, а только на родство. В XX веке, особенно после эмиграции, фамилия разошлась по миру, но её балтийский след остаётся главным ключом к происхождению.