Фамилия Межейникова хранит в основе слово «межейник». В старых русских говорах так называли землемера или того, кто устанавливал и охранял межи — границы земельных наделов. Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, занимался размежеванием полей, разбирал споры о границах между соседями или следил за целостностью меж. Работа эта была важной в крестьянском и помещичьем хозяйстве, где каждый клочок земли был на счету.

Суффикс «-ник» в основе указывает на лицо по роду занятий: как «охотник», «плотник» или «сапожник». От прозвища Межейник закономерно образовалась фамилия Межейников — через стандартный патронимический суффикс «-ов», означающий «сын Межейника» или «из рода Межейниковых». Форма Межейникова — женская или исходная принадлежность к роду (например, «жена Межейникова»).

В некоторых регионах слово «межейник» имело и переносное значение — так могли назвать человека неуживчивого, постоянно ссорящегося из-за границ, или, наоборот, справедливого судью в спорах. Однако прямая связь с профессией выглядит более надёжной. Фамилия редкая, географически тяготеет к центральным и южнорусским областям, где земельные наделы и межевание были особенно актуальны. Встречается также вариант Меженинов — с изменением гласной, но корень тот же.