Фамилия Меженникова образована от прозвища Меженник. В основе лежит глагол «межевать» — размечать, проводить границы земельных участков. Поэтому первая версия происхождения связывает прозвище с человеком, который профессионально занимался межеванием, то есть землемером. Вторая, менее вероятная, версия отсылает к реке Межа в Костромской области: так могли прозвать человека, жившего на её берегах. Потомки Меженника со временем получили фамилию Меженниковы, а женская форма — Меженникова — закрепилась за дочерьми и жёнами.

Словообразовательная модель проста и прозрачна: суффикс -ник указывает на деятеля или человека по характерному занятию, а финальный -ов/-ев в мужской форме фамилии типичен для русских родовых имён. Интересно, что прозвище Меженник не стоит путать с однокоренными «меженик» или «меженный» — в диалектах так называли что-то срединное, промежуточное, либо человека, родившегося в середине лета, в межень. Однако для фамилии Меженникова основным остаётся именно «межевой» след.

Землемерное дело в России было востребовано веками: с XVI–XVII столетий, когда началось массовое описание земель, межевщики пользовались уважением, но чаще их называли по-разному — писцами, мерщиками, межёвщиками. Прозвище Меженник могло закрепиться за крестьянином, который разбирался в границах наделов лучше других, или за служилым человеком, приставленным к размежеванию. Точных сведений о сословии первых носителей фамилии нет, но суффикс -ник в прозвищах чаще встречался в крестьянской и посадской среде, чем в дворянской.

География фамилии сегодня широкая, но если верить версии о реке Межа, то корни стоит искать в костромских и тверских землях — там протекают реки с таким именем. Впрочем, прозвище могло возникнуть в любом регионе, где шло активное землеустройство. В написании фамилия устойчива: ударение падает на второй слог — Меже́нникова, и это тоже отличает её от возможных омонимов, которые могли бы звучать как Меженнико́ва.