Фамилия Межиборец — редкий случай, когда прозвище, лёгшее в основу, почти наверняка было географическим, а не личным. Человек с такой фамилией — не «тот, кто борется на меже», а «тот, кто живёт между борами». Слово «бор» в древнерусском языке означало хвойный лес, сосняк. Соответственно, «межиборец» — житель участка между двумя борами, на опушке или поляне, окружённой лесами с двух сторон.

Модель образования прозрачна: основа «межи-» (предлог «между» в старой форме) плюс корень «-бор-» и суффикс «-ец», который в восточнославянских фамилиях указывает на принадлежность к местности или занятию (ср. «жилец», «кузнец», «донец»). Фамилия эта — типичное прозвище-ориентир, которое закрепилось за первопоселенцем или хозяином двора, чей дом стоял именно в таком месте. Позже, при переходе в фамилию, суффикс «-ец» остался без изменений, что для украинской и белорусской традиции (где фамилии на «-ец» обычны) характерно, а для великорусской — реже.

Географически фамилия Межиборец тяготеет к западу: Украина (особенно Волынь, Ровенская область), юг Беларуси (Брестчина, Гомельщина) и прилегающие районы Польши, где в прошлом были густые пущи и боры. В России она встречается единично, чаще всего как след миграции из Западного края в XIX–XX веках. В этом регионе «межиборье» как топоним (название урочища или хутора) встречалось нередко — и фамилия могла возникнуть параллельно в разных местах, независимо друг от друга.

С точки зрения словообразовательной типологии, Межиборец стоит в одном ряду с фамилиями Межигорский (живущий между горами) или Межлукьянов (от «между лукой», то есть излучиной реки). Но если «Межигорский» — фамилия дворянская или семинарская, то Межиборец — однозначно крестьянская, прозвищная, без искусственного прибавления суффикса «-ский». Унбегаун в своём «Словаре русских фамилий» подобные формы относит к «географическим прозвищам», которые редко становились фамилиями в центральной России, но были нормой на западе.

Встречается также вариант написания Межиборець (с мягким знаком на конце) — это украинская орфографическая норма, которая в русских документах при адаптации часто теряла «ь» и записывалась как Межиборец. Никакого иного смысла, кроме «живущий между боров», у этой фамилии нет. Версия о происхождении от глагола «бороться» («межиборец» как «борец за межу») лингвистически неправдоподобна: в древнерусском языке для такого значения использовали бы форму «межеборец» (с суффиксом «-е-»), а ударение падало бы иначе.