Фамилия Межибовская — это женская форма, мужской вариант — Межибовский. В основе лежит топоним, и в этом случае почти нет споров: фамилия образована от названия населённого пункта с корнем «Межибож» или «Межибов». Самый известный претендент — местечко Меджибож (историческое написание Межибож) в нынешней Хмельницкой области Украины. Название расшифровывается как «между Бугом» — то есть поселение, расположенное между реками или на слиянии, где одна из них — Южный Буг. Такая модель типична для польской и западнорусской ономастики: суффикс -ский/-цкий указывал на принадлежность к месту, владение им или происхождение оттуда. Межибовские — это, скорее всего, потомки шляхты или мещан, которые получили фамилию по названию имения или города, где жили или которым владели.

Словообразовательная модель «Межибов- + -ск-» характерна для фамилий знатного или полузнатного сословия Речи Посполитой. В XVII–XVIII веках такие фамилии активно усваивали не только дворяне, но и еврейские общины, жившие в тех же местах. Меджибож был известным еврейским местечком, центром хасидизма, так что часть носителей фамилии Межибовский может иметь еврейские корни, при этом фамилия звучит одинаково по-польски и по-русски. Встречается вариант с буквой «д» — Меджибовский, но написание через «е» (Межибовский) ближе к старой кириллической передаче названия.

В русском контексте фамилия редкая и сохраняет польско-украинский отпечаток. Ударение, судя по названию, падает на второй слог: Межи́бовская. Никакого отношения к «меже» или «межам» этот корень не имеет — это ложная народная этимология, которую иногда пытаются притянуть. Если искать однокоренные фамилии, то ближе всего будут Меджибовский, Межибожский, а также более редкие Межиборский (от другого топонима).