Фамилия Межонная — довольно редкая и нестандартная по своей модели. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев или -ин, она имеет форму прилагательного женского рода с окончанием -ая. Такое оформление характерно для фамилий, которые изначально были прозвищами или обозначениями, закрепившимися за женщиной, а затем перешедшими к потомкам. В мужском варианте фамилия звучала бы как Межонный, но в быту могла не измениться, если родоначальницей была вдова или хозяйка дома.

Основа фамилии — «межонный», то есть «находящийся межой», «относящийся к меже». Межа — это граница земельных участков, полоса невспаханной земли между наделами. В крестьянской среде слово «межонный» могло стать прозвищем человека, чей участок находился на границе, или того, кто занимался межеванием — разграничением чужих наделов. Второй вариант: прозвище Межонный могли дать человеку, жившему на стыке двух земель, деревень или даже губерний.

Менее вероятная, но возможная версия связывает фамилию с диалектным словом «межонка» — так в некоторых говорах называли узкую полоску земли, клин или межевой знак. В таком случае фамилия могла быть топонимической, то есть указывать на место жительства: «тот, кто с Межонки».

Географически фамилия Межонная встречается в центральных и южных регионах России, особенно в областях с развитым земледелием — Воронежской, Ростовской, Волгоградской. Встречается она и на Украине, где могла возникнуть самостоятельно от украинского «межа».

Социально фамилия почти наверняка крестьянская. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её происхождение из земледельческой среды. Суффикс -онн- в данном случае не несёт уменьшительного или пренебрежительного значения, а просто оформляет прилагательное от существительного «межа». Это отличает её от фамилий, образованных от личных имён или профессий через более типичные суффиксы.