Фамилия Межоннова — женская форма, а мужская, Межоннов, образована по редкой модели. В русских фамилиях суффикс -ов самый распространённый, но здесь он присоединён не к основе на твёрдый согласный, а к основе, которая уже оканчивается на -ов: Межон + ов. Такие «двойные» фамилии — большая редкость. Чаще всего они возникали, когда исходное прозвище или имя уже имело окончание -ов, и при оформлении фамилии его не отбрасывали, а наращивали сверху. В данном случае основа — «Межон» или «Межонок».

Корень здесь — «меж-», от слова «межа» (граница, рубеж между полями, участками). В древнерусских говорах «межон» могло означать человека, который живёт на меже, владеет пограничным наделом или занимается межеванием — установкой границ земельных участков. Это была важная и ответственная работа в общине, требовавшая знания местности и авторитета. Прозвище Межонок (с уменьшительным суффиксом -ок) давали младшему или невысокому человеку с таким занятием, а фамилия Межоннов закрепилась за его потомками.

Встречается и версия, что основа связана с диалектным словом «межонный» — «средний, промежуточный». В этом случае прозвище могло относиться к человеку, занимающему среднее положение: по возрасту, достатку или в семейной иерархии. Но связь с межеванием всё же надёжнее: она даёт конкретный профессиональный оттенок, а не абстрактную характеристику.

Географически фамилия тяготеет к центральным и южнорусским областям, где земельные споры и разделы были особенно актуальны. Встречается она нечасто, что неудивительно: редкая словообразовательная модель и специфическая основа не дали ей широко распространиться. Носители фамилии Межонновы — скорее всего, потомки крестьян или землемеров, чьи предки жили на стыке наделов и хорошо знали цену границе.