Фамилия Межуткин — редкий случай, когда географический термин стал прозвищем, а затем и фамилией. Её основа — слово «меж» или «межа». В древнерусском языке «межа» означала границу земельных участков, полосу между полями. Человек, живший на границе, на стыке владений, мог получить прозвище Межутка, Межуток — «тот, кто у межи». Суффикс -к- в основе типичен для прозвищ, образованных от нарицательных существительных (ср. Бортник, Дорожка), а фамильный суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Межутки».

Менее вероятная, но возможная версия — связь с древнерусским именем Меж, которое могло быть сокращением от Межислав или Межеслав. Такие имена встречались в Новгородских и Псковских землях, где межевание и земельные споры были частью повседневной жизни. Однако в исторических документах имя Меж не зафиксировано как распространённое, поэтому прозвищная версия надёжнее.

Географически фамилия тяготеет к центральным и северо-западным регионам России. В переписях XIX века Межуткины встречаются в Вятской, Костромской и Тверской губерниях — в зонах интенсивного земледелия и чересполосицы, где «межа» была бытовым понятием. В южных губерниях фамилия почти не фиксируется.

По словообразовательной модели фамилия стоит в одном ряду с Межевым, Межовым, Межениным. Но Межуткин отличается суффиксом -утк-: он редок и, скорее всего, возник из диалектной формы «межуток» (промежуток). В говорах слово «межуток» означало не только расстояние, но и узкую полосу земли. Если предок владел таким клочком или жил на узкой границе между чужими наделами, прозвище Межуток закреплялось за ним и его детьми.

Сословный состав носителей — преимущественно крестьяне и однодворцы. В дворянских родословных книгах фамилия не значится. Это типичная «географическая» фамилия, которая родилась не в канцелярии, а в поле, на деревенской сходке, где каждый знал, чей это надел и где чья межа.