Фамилия Мичкидяева — редкий случай, когда географическая привязка почти наверняка перевешивает все остальные версии. Её основа, «Мичкидя», с высокой вероятностью восходит к названию реки Мичкидя (или Мичкидяй) в бассейне Амура, в частности в Амурской области и Хабаровском крае. В таком случае фамилия относится к пласту «географических» фамилий, образованных от гидронимов — названий водных объектов. Суффикс -ев в мужском варианте (Мичкидяев) указывает на принадлежность: «сын человека, живущего на Мичкиде» или «выходец с Мичкиди».

Если смотреть на словообразовательную модель, то фамилия стоит в ряду таких же редких амурских фамилий, как Зеев (от реки Зея), Буреев (от реки Бурея) или Селемджинский (от Селемджи). Однако в отличие от них, Мичкидяева не имеет стандартного суффикса -ин или -ов, а использует более редкий для русских фамилий суффикс -ев, присоединённый к основе на -я. Это говорит о том, что фамилия могла сложиться в среде, где русский язык соседствовал с местными тунгусо-маньчжурскими языками, и название реки было адаптировано на слух.

Менее вероятна, но допустима версия, что в основе лежит тюркское или монгольское личное имя или прозвище. В тюркских языках есть корни, близкие к «мички» (например, «мычы» — «кошка» или «бич» — «плеть»), но сочетание с «дя» не даёт убедительной семантики без натяжек. Поэтому гидронимическая версия остаётся основной: предки носителя фамилии, скорее всего, были переселенцами или коренными жителями Приамурья, чья фамилия закрепилась по месту жительства.

В написании фамилии обращает на себя внимание окончание -ева, типичное для женского рода. В мужском роде фамилия звучит как Мичкидяев. Из-за редкости фамилии в исторических документах она почти не встречается, что делает её ценным маркером для генеалогического поиска — регион происхождения сужается до нескольких сёл вдоль реки Мичкидя.