Фамилия Мичурягина — женская форма фамилии Мичурягин, и её разбор стоит начать с суффикса, который сразу выдаёт модель образования. Суффикс -ягин встречается реже, чем привычные -ов или -ин, и указывает на происхождение от прозвища или имени, оканчивающегося на -яга. В русской ономастике такие фамилии часто носили жители северных и центральных областей России, где были распространены уменьшительные или уничижительные формы имён с этим суффиксом.

Основа фамилии — Мичуряга. Слово это не встречается в современных словарях, но его можно разложить на два элемента. Корень «мичур-» родственен глаголу «мичурить» — в диалектах русского языка это означало «хмуриться», «быть угрюмым» или «закрывать глаза». В некоторых говорах «мичура» — прозвище для человека с прищуренными или слезящимися глазами. Вторая часть, суффикс -яга, придаёт слову оттенок просторечия, часто с лёгкой пренебрежительностью, как в словах «бедняга», «парняга». Таким образом, Мичуряга — это прозвище, данное человеку за манеру щуриться или за угрюмый вид.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с личным именем Михаил. В народной речи имя Михаил могло сокращаться до Мичура, а суффикс -яга превращал его в Мичуряга. Однако для такой гипотезы нет устойчивых диалектных подтверждений, и версия с прозвищем по внешнему признаку выглядит убедительнее.

Фамилия Мичурягин (и её женская форма) — редкая. Встречается преимущественно в Поволжье и на Урале, что подтверждает её связь с северорусской диалектной лексикой. Носитель фамилии, скорее всего, потомок человека, которого в деревне прозвали Мичурягой — за привычку щуриться на солнце или за постоянно нахмуренное лицо. В эпоху, когда фамилии только закреплялись, такое прозвище легко перешло в наследственное имя рода.