Фамилия Мифаев — редкий случай, когда основа не очевидна на первый взгляд. Суффикс -ев указывает на патронимическое происхождение: фамилию образовали от имени или прозвища Мифай. Вопрос в том, что скрывается за этим Мифаем.

Самая вероятная версия ведет к крестильному имени Иоасаф. В русской народной среде это имя часто упрощали до разговорных форм — Иосаф, Осаф, а в некоторых говорах — Миаф или Миф. Отсюда Мифай как производная форма, а затем и фамилия Мифаев. Иоасаф — имя древнееврейского происхождения, означает «Господь собрал» или «Яхве есть судья». Имя это было распространено среди духовенства и монашества, так что предки Мифаевых могли иметь отношение к церковной среде.

Вторая версия, менее вероятная, но возможная — связь с тюркским именем Мифай (или Мифтах), которое восходит к арабскому «мифтах» — «ключ». В этом случае фамилия могла возникнуть у татар или башкир, но тогда на месте суффикса чаще встречался бы -ов (Мифаев), а не -ев, хотя и -ев при мягкой основе тоже возможен. Спор решается в пользу первой гипотезы, потому что сочетание «Мифай + -ев» встречается именно в русских патронимических моделях, где основа оканчивается на -ай.

Географически фамилия редкая. В дореволюционных переписях она фиксируется в основном в центральных губерниях России, изредка — среди казачества. Массового распространения не получила, что говорит о локальном происхождении: фамилия могла закрепиться за одной семьей или родом в конкретном селе.

Сравнение с однокоренными фамилиями (Мифодьев, Мифонов) показывает, что все они образованы от уменьшительных форм того же имени Иоасаф. Разница в суффиксах отражает местные диалектные привычки: где-то говорили Мифай, где-то Мифоня или Мифодя. Мифаев — один из вариантов, сохранившийся в неизменном виде.