Фамилия Мифтаутдинова — одна из тех, что сразу выдают мусульманское происхождение, а точнее — татарские или башкирские корни. Она образована от арабского имени Мифтаутдин, которое в свою очередь состоит из двух частей: «мифтах» (ключ) и «ад-дин» (вера, религия). Вместе имя означает «ключ веры» или «ключ к религии» — это традиционное теофорное имя, прославляющее ислам. Такие имена были особенно популярны в Волго-Уральском регионе среди татар и башкир, где арабская лексика смешивалась с местными тюркскими языковыми моделями.

Суффикс «-ов» в окончании фамилии — типичный русский патронимический формант, который добавляли к мусульманским именам при переходе к фамилиям в XIX — начале XX века. Исходная форма — Мифтаутдинов, а окончание «-а» указывает на женский вариант фамилии. То есть носительница Мифтаутдинова — дочь или жена человека по имени Мифтаутдин. Мужская форма, Мифтаутдинов, встречается чаще, и именно от неё идёт отсчёт.

Само имя Мифтаутдин — редкое даже по меркам татарского ономастикона. Если сравнить с более распространёнными аналогами вроде Мифтахутдинов (от «мифтахутдин» — почти то же самое, но с другим огласованием), то Мифтаутдинова выглядит как вариант, где «х» выпал или упростился в произношении. В разговорной речи у татар такое встречается: «Мифтах» могло сократиться до «Мифта». Поэтому не исключено, что фамилия — результат бытового упрощения первоначального полного имени.

Географически фамилия тяготеет к Татарстану, Башкортостану и соседним регионам Урала и Поволжья. Встречается и в Оренбургской, Челябинской областях — туда татары и башкиры переселялись в ходе хозяйственного освоения земель. Социальный контекст простой: предки носителей фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а сам Мифтаутдин мог быть муллой или просто верующим человеком, которому дали имя с религиозным смыслом. Дворянских корней у фамилии нет — в татарской среде фамилии на «-ов» появились поздно и не имели сословной привилегии.

Особенность фамилии — её звуковой облик. Для русского уха она кажется длинной и непривычной, но для татарского языка это естественная конструкция: корень «мифта» + арабский компонент «уддин». В документах XIX века можно встретить варианты написания: Мифтаутдинов, Мифтахутдинов, даже Мифтаутинов — путаница возникала из-за того, что переписчики не всегда различали гортанные звуки. Современная орфография закрепилась уже в советских паспортах.