Фамилия Мигданов — один из тех случаев, когда корень слова не сразу даёт ответ, и приходится заглядывать в словари тюркских и арабских заимствований. В основе лежит слово «мигдан» (или «михдан»), которое в тюркских языках, а через них и в русских говорах, означало «родник», «источник», «колодец с чистой водой». В некоторых диалектах «мигдан» — это ещё и плодородное место у воды, небольшой оазис. Соответственно, прозвище Мигдан могли дать человеку, жившему у такого родника, либо хозяину колодца, либо тому, кто торговал водой в засушливых местах.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Мигданов, то есть сын, потомок Мигдана. Обратите внимание на редкий для русской ономастики корень: фамилия не от христианского имени, не от профессии вроде кузнеца или плотника, а от географического признака, причём заимствованного. Это сразу выделяет её из ряда типичных «ремесленных» фамилий.

Географически фамилия тяготеет к Поволжью и Приуралью, особенно к регионам с татарским и башкирским населением, где слово «мигдан» было в ходу. Встречается она и у русских, живших по соседству с тюркскими народами. Это не дворянская фамилия — она из крестьянской или мещанской среды, где прозвища часто привязывались к месту жительства или природному объекту.

Спорных версий здесь немного, и они слабые. Иногда пытаются вывести «Мигдан» от арабского «михдан» (копьё) или от имени Магдан (вариант Магомеда), но это натяжка: ни фонетически, ни исторически такие переходы не подтверждаются для данной фамилии. Правдоподобнее всего — «родниковая» версия, она же самая прозрачная по языковым законам.