Фамилия Мигдеев — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. Чтобы понять её корни, нужно посмотреть на географию и на возможные иноязычные влияния. Основа фамилии — «Мигдей» или «Мигдея», что сразу отсылает к тюркскому или арабскому миру. Суффикс «-ев» указывает на русскую модель патронимического образования: Мигдеев — сын человека по имени Мигдей.

Самая вероятная версия связывает фамилию с тюркским мужским именем Мигдей (или Мигдай). В тюркских языках корень «мый» или «миг» может означать «знак», «пятно», «родинка», а иногда — «счастливый знак». Имя Мигдей могли дать ребёнку с родимым пятном или особой приметой, считавшейся хорошим предзнаменованием. Вариант: имя восходит к арабскому «Мигдад» (один из сподвижников пророка Мухаммада), которое в тюркской среде сократилось до Мигдей. Тогда фамилия несёт память о мусульманском культурном слое, который через татар или башкир вошёл в русскую ономастику.

Другая, менее распространённая гипотеза — связь с чувашским словом «миктей» (мелкий, крошечный). Если предок был невысокого роста или младшим в семье, его могли прозвать Миктей, а в русской записи фамилия закрепилась как Мигдеев. Но эта версия слабее: чувашские фамилии обычно имеют суффиксы «-ов» или «-ин», но исходное слово «миктей» редко становилось основой для фамилии.

Встречаемость Мигдеевых в Поволжье и на Урале подтверждает тюркскую версию. В татарских и башкирских деревнях имя Мигдей фиксировалось в метрических книгах XIX века. После крещения или перехода в православие носители имени получали фамилию по отцу — Мигдеевы. Таким образом, фамилия не имеет отношения к русским профессиональным прозвищам, а является прямым отчеством от личного имени восточного происхождения.