Фамилия Мигидей — одна из тех, где не разглядеть очевидного корня с первого взгляда. В ней нет привычного суффикса принадлежности (-ов, -ин, -ский), что сразу указывает на её позднее происхождение и, скорее всего, украинское или белорусское бытование. Основа фамилии — прозвище Мигидей или Мигида, которое, в свою очередь, образовано от глагола «мигать» или «мигнуть». В диалектах слово «мигида» могло означать человека, который часто моргает, щурится, или того, кто делает что-то быстро, «в один миг». Такие прозвища по физиологической особенности давали очень часто — они были точными и запоминающимися.

Словообразовательная модель здесь простая и характерная для юго-западных земель: прозвище Мигида (или Мигидей) напрямую стало фамилией без дополнительных формантов. Это типично для украинских фамилий на -ай, -ей, -ий (Тарасей, Грицай, Мигидей). Суффикс -ей мог выступать как уменьшительный или просто оформлять основу, как в именах Матвей, Тимофей. То есть Мигидей — это, вероятно, усечённая форма от более полного прозвища, где -ей играет роль фамильного окончания, а не суффикса.

Географически фамилия редкая. Её следы ведут в западные области Украины, возможно, в Подолье или на Волынь, а также в приграничные районы Беларуси. В польских метриках XIX века встречаются варианты Migidej, что указывает на влияние польской письменной традиции (сочетание -ej читается как [ей]). В России фамилия практически не встречается, что подтверждает её локальный, западнорусский характер.

Можно предположить, что предок носителя фамилии был человеком с приметной особенностью — быстрым взглядом или частым морганием. В крестьянской среде такие прозвища не несли негативного оттенка, а просто фиксировали внешнюю черту. Альтернативная гипотеза, связывающая фамилию с тюркским словом «мигида» (нечто маленькое), выглядит натянутой: ни фонетика, ни ареал распространения её не подтверждают. Фамилия Мигидей — наглядный пример того, как обыденное наблюдение за поведением человека превращалось в его родовое имя.